Kubo sahilde küçük bir köyde sakin bir yaşam sürmektedir. Ta ki intikam ateşiyle yanıp tutuşan geçmişten gelmiş bir ruh tarafından asırlık bir kan davası tekrar alevlenene kadar... Bu olay akla gelebilecek her çeşit yıkıma neden olurken; Tanrılar ve canavarların peşine düştüğü Kubo, hayatta kalabilmek ve intikamcı ruhu mağlup edebilmek için efsanevî bir Samuray olan merhum babası tarafından daha önce bir defa giyilen büyülü zırhı bulmak zorundadır.